São João Nepomuceno é um município brasileiro do estado de Minas Gerais. Fica localizado na microrregião de Juiz de Fora, por sua vez localizada na mesorregião da Zona da Mata mineira.

Já foi o nome do município de Nepomuceno. Outra denominação era São João Nepomuceno de Lavras do Funil.

Sua população estimada em 2007 era de 25.011 habitantes.Fundada por volta de 1800 por Mateus Luiz Garcia , teve início com a construção da Capela do Rio Novo de baixo, onde atualmente fica a Igreja Matriz, que se encontra em estado de reforma.

É terra de grandes nomes, como Heleno de Freitas, lenda do futebol brasileiro.